Вече 73 години смъртта на цар Борис III е забулена в тайнственост. За кончината му са изписани хиляди страници, но категорично мнение от какво точно е настъпила, няма и до ден днешен. Мистерии витаят и къде са погребани тленните останки на последната коронована българска особа, отбелязва в исторически обзор "Марица".
На 28 август 1943 година в 16, 22 минути цар Борис умира в двореца си в София. Два месеца му остават да отпразнува 25-годишно управление на българския престол. До днес около кончината витаят конспиративни теории.  

Около месец преди смъртта си царят получава покана да посети вожда на нацистка Германия Адолф Хитлер. Вместо на 13 август, царят заминава на следващия ден - монархът не предприема важни стъпки на 13-о число, което смята за фатално. Този път монархът има и друг мотив - да отложи неприятните разговори с фюрера, които му предстоят.

Личната среща на царя с Хитлер става във Wolfsschanze (Вълчата бърлога), първата щаб-квартира на фюрера на Източния фронт в Източна Прусия. При връщането си в неделя, 15 август, Борис III казал пред посрещналия го Богдан Филов, че по пътя насам искал да ги срещне вражески аероплан и да се свърши с него.
В това посещение мнозина изследователи виждат причината за смъртта на царя - той бил потиснат и напрегнат. Битува версия, че бил отровен, защото показал, че иска България да излезе от Тристранния пакт.
Преди години бившият иконом на царската резиденция в Баня - Христо Тончев, дори тиражира сензационен сценарий, че  Борис III сам бил изпил отровата - бил отчаян, а ситуацията през 1943 г. твърде много му напомняла за тази  през 1918 г., когато абдикира баща му Фердинанд.  

И тази версия е в сферата на мистификациите.    

На 17 август царят заминава на лов в резиденцията си в Царска Бистрица в Боровец, изкачва връх Мусала, връща се за малко в София и пак в резиденцията. Пред брат си принц Кирил се оплаква от задух и стягане в гърдите. В четвъртък, 26 август, царят дори прогнозирал пред д-р Разсолков, че ще умре от инфаркт. 

В смъртния акт на цар Борис III като причина за смъртта са посочени „запушване на лявата сърдечна артерия (тромбоза), двустранна пневмония, оток на белите дробове и на мозъка“. Резултатите от аутопсията показват класически инфаркт. Сърцето на Борис III е запазено в стъкленица. 

Съмненията за неестествената смърт на царя не спират до днес. Съществуват предположения, че е бил отровен от Хитлер, някои подозират Англия, а други - Сталин.

Адолф-Хайнц Бекерле, немският посланик в София, съобщава в главната квартира на Хитлер, че царят е отровен от английското разузнаване. Хитлер приема идеята, но за изпълнител подозира италианския двор и "интригантката Мафалда", сестра на Йоанна. В началото на септември 1943 г. тя е изпратена в немски концлагер.

Най-разпространена е версията, че царят е отровен от германците - с отрова,  предизвикваща инфаркт. Лансира се и версия, че при завръщането на царя от Берлин самолетът му нарочно е летял на опасно голяма височина, а в кислородната му маска бил поставен отровен газ. И тази версия издиша. Всъщност на връщане от Берлин, според пилота Бауер, Борис III сам е пилотирал самолета, който издигнал на 6000 метра. И ползвал маската на смени с личния си адютант Станислав Балан, който живял години след това. 

Според  шофьора на цар Борис 2-3 три дни преди внезапната си кончина царят е бил гост в съветската легация. Малко след като се прибрал, започнало да му става зле. Аргументите за подобна версия: без цар на трона съветските войски лесно ще влязат в България.

Най-пикантна и достойна за латиносапунка безспорно е версията, че царят бил отровен от 17-годишната си възлюбена, вербувана от генералите, паникьосани от вероятност да бъдат пратени на Източния фронт. Доверен аптекар от Лом доставил отвара от чемерика. Царят я изпил, след като му я поднесла 17-годишна камериерка, негова любимка и протеже на царицата. Подлъгали момичето, което се оказало и бременно, че с омайното биле царят ще го залюби завинаги.

В своите спомени царица Йоанна пише: „Моето дълбоко убеждение е следното: Борис, моят съпруг, не умря от естествена смърт. Неговият край бе престъпно предизвикан”.

Съвременната българска историография се е обединила около позицията, че царят е починал от естествена смърт в резултат на огромното физическо и психическо натоварване, за да бъде удържана България  встрани от пожара на Втората световна война.

На 5 септември 1943 г. след петдневно поклонение царят е погребан в Рилския манастир. Преди това тялото му е балсамирано. На поклонението идват невижданите за България 380 000 души. 

На 16 септември 1946 г. царското семейство (царица Йоанна, Симеон II и сестра му Мария-Луиза) напуска страната - това става ден след като Царство България е провъзгласено за република след референдума от 8 септември.

След 10 ноември 1989 г.  комисия от народни представители под ръководството на Стефан Савов започва издирване на тленните останки, но без резултат. На гробното място във Врана е намерен само съдът от армирано стъкло със сърцето на царя, тъй като то е било положено отделно от  оловния ковчег. През 1993 г. сърцето на цар Борис ІІІ е препогребано във възстановената гробница в Рилския манастир.

Третото погребение: Останките в Москва по заповед на Сталин

Има десетки версии и мистерии около съдбата на тленните останки на цар Борис III. От всички разкази най-логични са спомените на многогодишния уредник в музея на Рилския манастир Димитър Кръстев, който подрежда пъзела за мистерията шест десетилетия.  

През 1946 г., по случай 1000-годишнината от смъртта на св. Иван Рилски Чудотворец, Св. синод подготвя честването на големия празник.  Появява се обаче проблем -  вождът Георги Димитров заявява, че няма да влезе в манастирската църква за тържествата, ако зад гърба му се мъдри гробът на цар Борис III. Героят от Лайпциг извиква игумена епископ Калистрат и му заявява, че такъв гроб няма място в храма. Срещу Калистрат, който отказва да участва в светотатството, е скалъпен зрелищен процес. Игуменът е осъден на 57 години затвор и заточен в  Бачковския манастир.  

Регентът Тодор Павлов, опитен комунистически конспиратор,  намира йезуитски начин  гробът да се разтури  без много шум. Той убеждава царица Йоана, че царят трябва да бъде препогребан в двореца „Врана”, защото има опасност гробът му в Рилския манастир да бъде осквернен от разбойници. 

Една нощ, през Томина неделя след Великден, под ръководството на известния главорез Лев Главинчев гробът е разкопан от милиционери, цинковият ковчег с балсамираното тяло на царя е поставен в линейка и е доставен в двора на двореца „Врана”. Там до Павловия рибарник вече е изкопан новият гроб - 3 метра дълбок. На лунна светлина  царица Йоана вижда за последно съпруга си.

Присъстват и децата им Симеон и Мария-Луиза. Металния ковчег със стъклено прозорче поставят в дървения. Препогребването се забавя с няколко часа, защото в Рилския манастир е забравена стъкленицата със сърцето. Когато пристига, тя е поставено между двата сандъка. Отгоре намятат златоткано платно и цар Борис III е препогребан наново. 

Според Димитър Кръстев малко преди смъртта си през 1953 г. Сталин заповядва тленните останки на цар Борис III да бъдат извадени и със специален самолет да се доставят в Москва. Така е постъпил и с костите на най-големите си врагове, включително и на Хитлер. Извадени са дори костите на кайзер Вилхелм от гроба му в Потсдам и са заровени на тайно място.

Целта е ясна - личностите от миналото трябва да бъдат заличени в паметта на народите, а наличието на ясен гроб винаги е потенциално място за поклонничество. И така гробът на цар Борис III отново е разкопан в тъмна доба. В суматохата обаче стъкленицата със сърцето му остава в дупката. Балсамираното тяло е натоварено в камион. В кабината са само шофьорът и един генерал.

Бързат към летището. Тялото на царя най-вероятно е погребано, за трети път, в съветско гробище. А шофьорът Митко, който е карал ковчега, не се е прибрал у дома, за да няма свидетели.
Гробът на цар Борис III все още е неизвестен. Със сигурност обаче България може да влезе в рекордите на “Гинес” с най-често препогребван държавен глава.