В архивите на Държавна сигурност се пази само част от оперативното дело на новия патриарх Неофит. Работните папки са унищожени. В документите се съдържат данни, че Симеон Димитров, каквото е светското име на Неофит, е предавал информация и за свещеници от български епархии в чужбина.
Разработката на Неофит започва през 1964 година, много преди той да бъде привлечен като агент: “В квартала обекта не членува никъде и прояви от общественополитически характер няма. Не са забелязани да има проявени порочни слабости и наклонности. Доколкото е познат прави впечатление на тих и скромен. Дружба не поддържа с никого, тъй като живее изолирано от квартала. Там предимно са учреждения и канцеларии. Обектът по характер е тих и скромен младеж. Много ученолюбив и отличен ученик. Не се е ограничавал само с четене на религиозна литература. Четял много съвременни книги и гледал филми, които църквата им забранявала да гледат”, гласи оценката от предварителното проучване на духовника.
В първоначалните справки с червено е подчертано следното изречение: “Предполагаме, че след завършване на семинарията, лицето няма да да стане свещеник”.
С Неофит са работили двама агента от 3-ти отдел на бившето 6-то управление – капитан Ангел Славейков Славчев и майор Кирил Иванов Котов. В архивите на ДС Неофит фигурира като агент “Симеонов”, от документите става още ясно, че той е бил приеман в явочна квартира “Несебър”.
Ето и извадки от делото на новия патриарх в Държавна сигурност:
“Ползва се с подкрепата на патриарх Максим и други висши духовници заради силната му привързаност към църквата и дълбока религиозност. Близък е с епископ Йосиф и е под негово влияние. От началото на 1982 г. е назначен за протосингел на Софийската митрополия. Неговото разбиране за религията и мястото на БПЦ в съвременния живот и социалистическото изграждане на страната не е все още напълно избистрено, но се забелязват положителни елементи. Одобрява участието на църквата в борбата за мир. Демонстрира безпределна любов и вярност към Съветския съюз, съветския народ, към работата и линията, която провежда Руската православна църква. От него писмени сведения до сега почти не съм вземал, но това не е трудно и не е проблем. Писмена информация е дал единствено относно свои впечатления от едно пътуване в САЩ през настоящата година. Въз основа на горното предлагам Архимандрит Неофит да бъде оформен за агент на ДС под псевдоним „Симеонов” Същият ще се използва за решаване на кадрови въпроси, за изпълнение на задачи при задгранични пътувания и за влияние”, пише в документите по делото на Неофит.